Yhdistys on perustettu vuonna 1995.

Migreeniyhdistys valvoo jäsenistönsä etuja ja toimii asiantuntijana migreeniä ja muita vaikeita päänsärkyjä koskevissa asioissa. Yhdistys vaikuttaa päänsärkyjä koskevan tutkimuksen ja kuntoutuksen kehittymiseen yhteistyössä eri tahojen kanssa sekä kansallisella että kansainvälisellä tasolla. Yhdistys lisää tietämystä päänsärkysairauksista sekä niitä sairastavien että muun väestön ja terveydenhuollon ammattilaisten keskuudessa.

Yhdistys tukee päänsärkyjä sairastavia vertaistoiminnalla eri puolilla Suomea ja vertaistukiryhmillä sosiaalisessa mediassa sekä neuvontapalvelulla.

Migreeniyhdistyksen toimintaan osallistuminen ei vaadi jäsenyyttä, mutta vain varsinaisella jäsenellä on oikeus äänestää sääntömääräisissä kokouksissa.